fix
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521
book/node_modules/highlight.js/lib/languages/stan.js
generated
vendored
Normal file
521
book/node_modules/highlight.js/lib/languages/stan.js
generated
vendored
Normal file
@ -0,0 +1,521 @@
|
||||
/*
|
||||
Language: Stan
|
||||
Description: The Stan probabilistic programming language
|
||||
Author: Sean Pinkney <sean.pinkney@gmail.com>
|
||||
Website: http://mc-stan.org/
|
||||
Category: scientific
|
||||
*/
|
||||
|
||||
function stan(hljs) {
|
||||
const regex = hljs.regex;
|
||||
// variable names cannot conflict with block identifiers
|
||||
const BLOCKS = [
|
||||
'functions',
|
||||
'model',
|
||||
'data',
|
||||
'parameters',
|
||||
'quantities',
|
||||
'transformed',
|
||||
'generated'
|
||||
];
|
||||
|
||||
const STATEMENTS = [
|
||||
'for',
|
||||
'in',
|
||||
'if',
|
||||
'else',
|
||||
'while',
|
||||
'break',
|
||||
'continue',
|
||||
'return'
|
||||
];
|
||||
|
||||
const TYPES = [
|
||||
'array',
|
||||
'tuple',
|
||||
'complex',
|
||||
'int',
|
||||
'real',
|
||||
'vector',
|
||||
'complex_vector',
|
||||
'ordered',
|
||||
'positive_ordered',
|
||||
'simplex',
|
||||
'unit_vector',
|
||||
'row_vector',
|
||||
'complex_row_vector',
|
||||
'matrix',
|
||||
'complex_matrix',
|
||||
'cholesky_factor_corr|10',
|
||||
'cholesky_factor_cov|10',
|
||||
'corr_matrix|10',
|
||||
'cov_matrix|10',
|
||||
'void'
|
||||
];
|
||||
|
||||
// to get the functions list
|
||||
// clone the [stan-docs repo](https://github.com/stan-dev/docs)
|
||||
// then cd into it and run this bash script https://gist.github.com/joshgoebel/dcd33f82d4059a907c986049893843cf
|
||||
//
|
||||
// the output files are
|
||||
// distributions_quoted.txt
|
||||
// functions_quoted.txt
|
||||
|
||||
const FUNCTIONS = [
|
||||
'abs',
|
||||
'acos',
|
||||
'acosh',
|
||||
'add_diag',
|
||||
'algebra_solver',
|
||||
'algebra_solver_newton',
|
||||
'append_array',
|
||||
'append_col',
|
||||
'append_row',
|
||||
'asin',
|
||||
'asinh',
|
||||
'atan',
|
||||
'atan2',
|
||||
'atanh',
|
||||
'bessel_first_kind',
|
||||
'bessel_second_kind',
|
||||
'binary_log_loss',
|
||||
'block',
|
||||
'cbrt',
|
||||
'ceil',
|
||||
'chol2inv',
|
||||
'cholesky_decompose',
|
||||
'choose',
|
||||
'col',
|
||||
'cols',
|
||||
'columns_dot_product',
|
||||
'columns_dot_self',
|
||||
'complex_schur_decompose',
|
||||
'complex_schur_decompose_t',
|
||||
'complex_schur_decompose_u',
|
||||
'conj',
|
||||
'cos',
|
||||
'cosh',
|
||||
'cov_exp_quad',
|
||||
'crossprod',
|
||||
'csr_extract',
|
||||
'csr_extract_u',
|
||||
'csr_extract_v',
|
||||
'csr_extract_w',
|
||||
'csr_matrix_times_vector',
|
||||
'csr_to_dense_matrix',
|
||||
'cumulative_sum',
|
||||
'dae',
|
||||
'dae_tol',
|
||||
'determinant',
|
||||
'diag_matrix',
|
||||
'diagonal',
|
||||
'diag_post_multiply',
|
||||
'diag_pre_multiply',
|
||||
'digamma',
|
||||
'dims',
|
||||
'distance',
|
||||
'dot_product',
|
||||
'dot_self',
|
||||
'eigendecompose',
|
||||
'eigendecompose_sym',
|
||||
'eigenvalues',
|
||||
'eigenvalues_sym',
|
||||
'eigenvectors',
|
||||
'eigenvectors_sym',
|
||||
'erf',
|
||||
'erfc',
|
||||
'exp',
|
||||
'exp2',
|
||||
'expm1',
|
||||
'falling_factorial',
|
||||
'fdim',
|
||||
'fft',
|
||||
'fft2',
|
||||
'floor',
|
||||
'fma',
|
||||
'fmax',
|
||||
'fmin',
|
||||
'fmod',
|
||||
'gamma_p',
|
||||
'gamma_q',
|
||||
'generalized_inverse',
|
||||
'get_imag',
|
||||
'get_real',
|
||||
'head',
|
||||
'hmm_hidden_state_prob',
|
||||
'hmm_marginal',
|
||||
'hypot',
|
||||
'identity_matrix',
|
||||
'inc_beta',
|
||||
'integrate_1d',
|
||||
'integrate_ode',
|
||||
'integrate_ode_adams',
|
||||
'integrate_ode_bdf',
|
||||
'integrate_ode_rk45',
|
||||
'int_step',
|
||||
'inv',
|
||||
'inv_cloglog',
|
||||
'inv_erfc',
|
||||
'inverse',
|
||||
'inverse_spd',
|
||||
'inv_fft',
|
||||
'inv_fft2',
|
||||
'inv_inc_beta',
|
||||
'inv_logit',
|
||||
'inv_Phi',
|
||||
'inv_sqrt',
|
||||
'inv_square',
|
||||
'is_inf',
|
||||
'is_nan',
|
||||
'lambert_w0',
|
||||
'lambert_wm1',
|
||||
'lbeta',
|
||||
'lchoose',
|
||||
'ldexp',
|
||||
'lgamma',
|
||||
'linspaced_array',
|
||||
'linspaced_int_array',
|
||||
'linspaced_row_vector',
|
||||
'linspaced_vector',
|
||||
'lmgamma',
|
||||
'lmultiply',
|
||||
'log',
|
||||
'log1m',
|
||||
'log1m_exp',
|
||||
'log1m_inv_logit',
|
||||
'log1p',
|
||||
'log1p_exp',
|
||||
'log_determinant',
|
||||
'log_diff_exp',
|
||||
'log_falling_factorial',
|
||||
'log_inv_logit',
|
||||
'log_inv_logit_diff',
|
||||
'logit',
|
||||
'log_mix',
|
||||
'log_modified_bessel_first_kind',
|
||||
'log_rising_factorial',
|
||||
'log_softmax',
|
||||
'log_sum_exp',
|
||||
'machine_precision',
|
||||
'map_rect',
|
||||
'matrix_exp',
|
||||
'matrix_exp_multiply',
|
||||
'matrix_power',
|
||||
'max',
|
||||
'mdivide_left_spd',
|
||||
'mdivide_left_tri_low',
|
||||
'mdivide_right_spd',
|
||||
'mdivide_right_tri_low',
|
||||
'mean',
|
||||
'min',
|
||||
'modified_bessel_first_kind',
|
||||
'modified_bessel_second_kind',
|
||||
'multiply_lower_tri_self_transpose',
|
||||
'negative_infinity',
|
||||
'norm',
|
||||
'norm1',
|
||||
'norm2',
|
||||
'not_a_number',
|
||||
'num_elements',
|
||||
'ode_adams',
|
||||
'ode_adams_tol',
|
||||
'ode_adjoint_tol_ctl',
|
||||
'ode_bdf',
|
||||
'ode_bdf_tol',
|
||||
'ode_ckrk',
|
||||
'ode_ckrk_tol',
|
||||
'ode_rk45',
|
||||
'ode_rk45_tol',
|
||||
'one_hot_array',
|
||||
'one_hot_int_array',
|
||||
'one_hot_row_vector',
|
||||
'one_hot_vector',
|
||||
'ones_array',
|
||||
'ones_int_array',
|
||||
'ones_row_vector',
|
||||
'ones_vector',
|
||||
'owens_t',
|
||||
'Phi',
|
||||
'Phi_approx',
|
||||
'polar',
|
||||
'positive_infinity',
|
||||
'pow',
|
||||
'print',
|
||||
'prod',
|
||||
'proj',
|
||||
'qr',
|
||||
'qr_Q',
|
||||
'qr_R',
|
||||
'qr_thin',
|
||||
'qr_thin_Q',
|
||||
'qr_thin_R',
|
||||
'quad_form',
|
||||
'quad_form_diag',
|
||||
'quad_form_sym',
|
||||
'quantile',
|
||||
'rank',
|
||||
'reduce_sum',
|
||||
'reject',
|
||||
'rep_array',
|
||||
'rep_matrix',
|
||||
'rep_row_vector',
|
||||
'rep_vector',
|
||||
'reverse',
|
||||
'rising_factorial',
|
||||
'round',
|
||||
'row',
|
||||
'rows',
|
||||
'rows_dot_product',
|
||||
'rows_dot_self',
|
||||
'scale_matrix_exp_multiply',
|
||||
'sd',
|
||||
'segment',
|
||||
'sin',
|
||||
'singular_values',
|
||||
'sinh',
|
||||
'size',
|
||||
'softmax',
|
||||
'sort_asc',
|
||||
'sort_desc',
|
||||
'sort_indices_asc',
|
||||
'sort_indices_desc',
|
||||
'sqrt',
|
||||
'square',
|
||||
'squared_distance',
|
||||
'step',
|
||||
'sub_col',
|
||||
'sub_row',
|
||||
'sum',
|
||||
'svd',
|
||||
'svd_U',
|
||||
'svd_V',
|
||||
'symmetrize_from_lower_tri',
|
||||
'tail',
|
||||
'tan',
|
||||
'tanh',
|
||||
'target',
|
||||
'tcrossprod',
|
||||
'tgamma',
|
||||
'to_array_1d',
|
||||
'to_array_2d',
|
||||
'to_complex',
|
||||
'to_int',
|
||||
'to_matrix',
|
||||
'to_row_vector',
|
||||
'to_vector',
|
||||
'trace',
|
||||
'trace_gen_quad_form',
|
||||
'trace_quad_form',
|
||||
'trigamma',
|
||||
'trunc',
|
||||
'uniform_simplex',
|
||||
'variance',
|
||||
'zeros_array',
|
||||
'zeros_int_array',
|
||||
'zeros_row_vector'
|
||||
];
|
||||
|
||||
const DISTRIBUTIONS = [
|
||||
'bernoulli',
|
||||
'bernoulli_logit',
|
||||
'bernoulli_logit_glm',
|
||||
'beta',
|
||||
'beta_binomial',
|
||||
'beta_proportion',
|
||||
'binomial',
|
||||
'binomial_logit',
|
||||
'categorical',
|
||||
'categorical_logit',
|
||||
'categorical_logit_glm',
|
||||
'cauchy',
|
||||
'chi_square',
|
||||
'dirichlet',
|
||||
'discrete_range',
|
||||
'double_exponential',
|
||||
'exp_mod_normal',
|
||||
'exponential',
|
||||
'frechet',
|
||||
'gamma',
|
||||
'gaussian_dlm_obs',
|
||||
'gumbel',
|
||||
'hmm_latent',
|
||||
'hypergeometric',
|
||||
'inv_chi_square',
|
||||
'inv_gamma',
|
||||
'inv_wishart',
|
||||
'inv_wishart_cholesky',
|
||||
'lkj_corr',
|
||||
'lkj_corr_cholesky',
|
||||
'logistic',
|
||||
'loglogistic',
|
||||
'lognormal',
|
||||
'multi_gp',
|
||||
'multi_gp_cholesky',
|
||||
'multinomial',
|
||||
'multinomial_logit',
|
||||
'multi_normal',
|
||||
'multi_normal_cholesky',
|
||||
'multi_normal_prec',
|
||||
'multi_student_cholesky_t',
|
||||
'multi_student_t',
|
||||
'multi_student_t_cholesky',
|
||||
'neg_binomial',
|
||||
'neg_binomial_2',
|
||||
'neg_binomial_2_log',
|
||||
'neg_binomial_2_log_glm',
|
||||
'normal',
|
||||
'normal_id_glm',
|
||||
'ordered_logistic',
|
||||
'ordered_logistic_glm',
|
||||
'ordered_probit',
|
||||
'pareto',
|
||||
'pareto_type_2',
|
||||
'poisson',
|
||||
'poisson_log',
|
||||
'poisson_log_glm',
|
||||
'rayleigh',
|
||||
'scaled_inv_chi_square',
|
||||
'skew_double_exponential',
|
||||
'skew_normal',
|
||||
'std_normal',
|
||||
'std_normal_log',
|
||||
'student_t',
|
||||
'uniform',
|
||||
'von_mises',
|
||||
'weibull',
|
||||
'wiener',
|
||||
'wishart',
|
||||
'wishart_cholesky'
|
||||
];
|
||||
|
||||
const BLOCK_COMMENT = hljs.COMMENT(
|
||||
/\/\*/,
|
||||
/\*\//,
|
||||
{
|
||||
relevance: 0,
|
||||
contains: [
|
||||
{
|
||||
scope: 'doctag',
|
||||
match: /@(return|param)/
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
);
|
||||
|
||||
const INCLUDE = {
|
||||
scope: 'meta',
|
||||
begin: /#include\b/,
|
||||
end: /$/,
|
||||
contains: [
|
||||
{
|
||||
match: /[a-z][a-z-._]+/,
|
||||
scope: 'string'
|
||||
},
|
||||
hljs.C_LINE_COMMENT_MODE
|
||||
]
|
||||
};
|
||||
|
||||
const RANGE_CONSTRAINTS = [
|
||||
"lower",
|
||||
"upper",
|
||||
"offset",
|
||||
"multiplier"
|
||||
];
|
||||
|
||||
return {
|
||||
name: 'Stan',
|
||||
aliases: [ 'stanfuncs' ],
|
||||
keywords: {
|
||||
$pattern: hljs.IDENT_RE,
|
||||
title: BLOCKS,
|
||||
type: TYPES,
|
||||
keyword: STATEMENTS,
|
||||
built_in: FUNCTIONS
|
||||
},
|
||||
contains: [
|
||||
hljs.C_LINE_COMMENT_MODE,
|
||||
INCLUDE,
|
||||
hljs.HASH_COMMENT_MODE,
|
||||
BLOCK_COMMENT,
|
||||
{
|
||||
scope: 'built_in',
|
||||
match: /\s(pi|e|sqrt2|log2|log10)(?=\()/,
|
||||
relevance: 0
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
match: regex.concat(/[<,]\s*/, regex.either(...RANGE_CONSTRAINTS), /\s*=/),
|
||||
keywords: RANGE_CONSTRAINTS
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
scope: 'keyword',
|
||||
match: /\btarget(?=\s*\+=)/,
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
// highlights the 'T' in T[,] for only Stan language distributrions
|
||||
match: [
|
||||
/~\s*/,
|
||||
regex.either(...DISTRIBUTIONS),
|
||||
/(?:\(\))/,
|
||||
/\s*T(?=\s*\[)/
|
||||
],
|
||||
scope: {
|
||||
2: "built_in",
|
||||
4: "keyword"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
// highlights distributions that end with special endings
|
||||
scope: 'built_in',
|
||||
keywords: DISTRIBUTIONS,
|
||||
begin: regex.concat(/\w*/, regex.either(...DISTRIBUTIONS), /(_lpdf|_lupdf|_lpmf|_cdf|_lcdf|_lccdf|_qf)(?=\s*[\(.*\)])/)
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
// highlights distributions after ~
|
||||
begin: [
|
||||
/~/,
|
||||
/\s*/,
|
||||
regex.concat(regex.either(...DISTRIBUTIONS), /(?=\s*[\(.*\)])/)
|
||||
],
|
||||
scope: { 3: "built_in" }
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
// highlights user defined distributions after ~
|
||||
begin: [
|
||||
/~/,
|
||||
/\s*\w+(?=\s*[\(.*\)])/,
|
||||
'(?!.*/\b(' + regex.either(...DISTRIBUTIONS) + ')\b)'
|
||||
],
|
||||
scope: { 2: "title.function" }
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
// highlights user defined distributions with special endings
|
||||
scope: 'title.function',
|
||||
begin: /\w*(_lpdf|_lupdf|_lpmf|_cdf|_lcdf|_lccdf|_qf)(?=\s*[\(.*\)])/
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
scope: 'number',
|
||||
match: regex.concat(
|
||||
// Comes from @RunDevelopment accessed 11/29/2021 at
|
||||
// https://github.com/PrismJS/prism/blob/c53ad2e65b7193ab4f03a1797506a54bbb33d5a2/components/prism-stan.js#L56
|
||||
|
||||
// start of big noncapture group which
|
||||
// 1. gets numbers that are by themselves
|
||||
// 2. numbers that are separated by _
|
||||
// 3. numbers that are separted by .
|
||||
/(?:\b\d+(?:_\d+)*(?:\.(?:\d+(?:_\d+)*)?)?|\B\.\d+(?:_\d+)*)/,
|
||||
// grabs scientific notation
|
||||
// grabs complex numbers with i
|
||||
/(?:[eE][+-]?\d+(?:_\d+)*)?i?(?!\w)/
|
||||
),
|
||||
relevance: 0
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
scope: 'string',
|
||||
begin: /"/,
|
||||
end: /"/
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
};
|
||||
}
|
||||
|
||||
module.exports = stan;
|
||||
Reference in New Issue
Block a user