最初のcommitに戻す

$ git update-ref -d HEAD
$ git add .
$ git commit -m "first"
$ git push -f

最初のcommitは空にして、次からaddするのがいいかも。

容量を削減する

$ cp -rf ../$repo ../${repo}.back
$ git rebase -i --root
# 最初以外のcommitを削除
$ rm -rf ../${repo}.back/.git
$ cp -rf .git ../${repo}.back/
$ cd ${repo}.back
$ git add .
$ git commit -m first
$ git push -f